Justo en los noventa se dio una apertura religiosa en Cuba que se tradujo tanto en la visita de tres papas como en la apertura de templos ortodoxos y el surgimiento de espacios evangélicos. En la actualidad hay unas 25,000 casas de culto evangélicas y en 2016 el CIC dijo que entregó 300,000 biblias. Además, el Gobierno comenzó a devolver instalaciones a la Iglesia católica.
Naranjo fue uno de los que promovieron la apertura. Se reunió con el entonces presidente Fidel Castro para pedir más espacios para las denominaciones religiosas y fomentó con otras iglesias evangélicas acercamientos entre jóvenes marxistas y feligreses para tener una mejor compresión unos de otros.
Pese a ese panorama de diversidad, un informe del Departamento de Estado estadounidense sobre la libertad de culto acusó al Gobierno cubano de acosar a pastores, confiscarles materiales para el culto y expropiarles propiedades.
Y la organización Christian Solidarity Worlwide, con sede en Londres, señaló en un informe que registró 2,380 violaciones a la libertad religiosa en Cuba en 2016, entre ellas declarar ilegales a 2,000 iglesias de la Asamblea de Dios con 1,400 procesos de confiscación de propiedades. También denunció la persecución y el encarcelamiento a feligreses, al igual que la destrucción de iglesias.
Juan Whitaker, un directivo de la Asamblea de Dios en Cuba, rechazó que se les confiscaran templos, pero declinó ser entrevistado; otros miembros dijeron que se habían producido fricciones con el Gobierno, pero que había un diálogo en desarrollo. David Ellis, director regional del Consejo General de esa misma denominación, con sede en Missouri, también negó la supuesta ilegalización.
No obstante, Kiri Kankhwende, un portavoz de la inglesa Christian Solidarity Worldwide, reiteró su denuncia y acusó a las iglesias de no querer pronunciarse por presión del Gobierno. En sus informes, la Christian Solidarity Worlwide mencionó el caso del reverendo Juan Carlos Núñez, cuyo templo en la provincia oriental de Las Tunas fue derribado. Además, algunas notas periodísticas reportaron otra acción similar con la iglesia de su colega Bernardo de Quesada en Camagüey, al centro del país. Ambos son del Movimiento Apostólico.